走进COMET | 一次检测 24个蛋白 12个RNA靶点！COMET空间多组学平台解码肿瘤微环境

胶质母细胞瘤（GBM）是极具侵袭性的原发性脑肿瘤，诊断与治疗挑战巨大，传统免疫组织化学方法难以捕捉其肿瘤微环境（TME）的复杂性；如何在保留组织空间信息的同时揭示超多重生物标志物，以及如何将高纬多组学空间图像转化为有效定量数据仍是关键难题。

通过COMET™平台检测了2种胶质母细胞瘤类型，16个不同肿瘤组织样本，同时共染了星形胶质细胞标志物GFAP、干细胞/增殖细胞标志物SOX2、少突胶质细胞标志物Olig2等24个蛋白靶点与巨噬细胞标志物CD68、血管内皮细胞标志物CD34等12个RNA靶点。获取的单细胞多组学数据成功绘制出胶质母细胞瘤肿瘤微环境的核心组成成分，清晰呈现了肿瘤微环境内部关键细胞及分子的分布特征。

在获得多组学检测图像后，可以利用COMET™平台提供的HORIZON分析平台完成图像定量分析。下图是利用HORIZON分析平台完成的RNA检测结果（采用背景减除的cAMP成像）。HORIZON的斑点检测算法可在不同RNA丰度的样本中识别斑点。由于背景信号范围较大，该算法允许用户根据斑点尺寸、强度等特征调整检测阈值；此外，还能通过“斑点排除”功能去除假阳性信号。RNA检测后，会统计阳性斑点的数量，以区分信号强的点。

另外在图像定量分析中，我们需要进行细胞分割。在HORIZON中，细胞分割是通过COMET™优化的Starfish（斑点分割）技术实现的。斑点分割是细胞核分割的基础：HORIZON的细胞核检测能区分真实细胞核与重叠细胞核，还提供多种细胞核近似算法（不同误差范围），用于量化分割结果的准确性。为提高基于细胞核的细胞分割的准确性，HORIZON提供“扩展分割”功能：以细胞核为中心，将分割边界扩展至相邻细胞的边界。

借助HORIZON的工作流编辑器和批量分析功能，针对特定感兴趣区域（ROI）配置的分析可轻松应用于整个队列。下方展示了在整个样本上执行的工作流。已建立的工作流具有高选择性，因为其基于规则的设计包含了背景减除、斑点检测、细胞分割等步骤，这些步骤利用了多模态特征（如蛋白质和RNA）。这些提取的特征将用于下游分析。

在HORIZON中完成分割与分类后，可在整个样本上执行下游分析，以揭示肿瘤微环境（TME）的复杂性：

发现Type 2样本中巨噬细胞与肿瘤细胞的距离显著增加，而Type 1样本中两者距离较近。

通过表型分布的热图，对比不同样本的细胞组成差异（例如Type 2样本中星形胶质细胞占比明显更高）。

这些结果仅需点击几下即可生成，且能直接与COMET™获取的原始多组学数据关联。